Problemima ispitivanja, utvrđivanja stanja, istraživanjima i projektiranjem načina sanacije oštećenja i zaštite armiranobetonske konstrukcije Krčkog mosta, počeo se baviti tadašnji Građevinski institut (GI, današnji IGH) 1986. godine, kad su izvršena prva sustavna istraživanja stanja mosta. Već tada su utvrđena značajna oštećenja oslonaca glavnih nosača na stupove nad oba luka i značajniji prodor klorida u beton zaštitnog sloja, samo na najnižim elementima mosta (kosnicima i razuporama velikog luka). Zahtijevana je hitna sanacija svih fiksnih oslonačkih sklopova i preporučena potreba zaštite svih vanjskih površina mosta od daljnjeg prodiranja klorida. Glavni izvođač mosta izradio je 1987. godine projekt sanacije oslonačkih sklopova i iste godine započeo i izvedbu. Do rata su po tom rješenju sanirani svi oštećeni oslonački sklopovi na velikom luku i na stupu S28 na malom. Uoči rata su svi radovi prekinuti.

Istodobno je GI izradio i Opće tehničke uvjete za nuđenje projektnih rješenja i izvedbu zaštite armiranobetonske konstrukcije mosta od prodora klorida prema kojima je sljedeće godine objavljen javni natječaj za sanaciju i zaštitu najugroženijih i lakše dostupnih donjih dijelova mosta (peta lukova, gornje plohe malog luka i razupore velikog luka na Sv. Marku). Na natječaj se javilo nekoliko ponuđača s više varijantnih sustava zaštite poznatih svjetskih proizvođača, ali bez dovoljno specificiranih svojstava i dokazane efikasnosti u konkretnim uvjetima eksploatacije mosta. Komisijski je tada odlučeno da se svima njima, a i svim ostalim moguće zainteresiranim ponudi da na razupori velikog luka na Sv. Marku izvedu pokusne površine zaštite za provjeru i potvrđivanje njihove efikasnosti. Za početak radova na donjim, lakše dostupnim dijelovima, odabran je prema ponuđenim referencijama tada najizgledniji klasični sustav zaštite s visokokvalitetnim sanacijskim mortom i polimercementnim zaštitnim premazom.

Prvobitno je izvedena 21 pokusna površina (kasnije još 5) s varijantnim sustavima 15 poznatih europskih proizvođača sastavnih materijala. Od tih prvih 21 već nakon prve zime je eliminirano 18 zbog već vidljivih pogrešaka (pukotina, guljenja i visoke propusnosti, koja je kod nekih čak ubrzala koroziju “zaštićene” armature). Preostala tri, za početak, dalje su praćena. Međutim, pokazalo se kasnije da ni oni nisu ni dovoljno efikasno ni dovoljno racionalno rješenje, ponajprije zbog nedovoljne efikasnosti (kloridne nepropusnosti) završnog polimercementnoga zaštitnog premaza.

Zbog toga su paralelno s ovim negativnim spoznajama i na pokusnim površinama i na prvim izvedenim zaštitama istraživane i analizirane i druge mogućnosti i konzultirani neki poznati svjetski stručnjaci iz ovog područja (Miagava, Tanikava, Swamy, Miller, Rostam, Maag). U prvom redu se to odnosilo na danas već sve rašireniju primjenu katodne zaštite i dekloridizacije. Nije se usvojilo rješenje sanacije primjenom katodne zaštite, jer se nije uspjela organizirati provjera tih tehnologija u konkretnim uvjetima, a projektiranje izvedbe takve zaštite je prerizično, jer su osnovni konstrukcijski sklopovi (lukovi) mosta izvedeni pretežno od predgotovljenih armiranobetonskih ploča povezanih u konstrukcijskim spojnicima, kojih je oko 50 km, samo preklopljenom i vjerojatno slabo električki povezanom armaturom, što je za efikasnu primjenu ovih tehnologija nužno.

U međuvremenu (u posljednjih desetak godina) neefikasni polimercementni završni premazi u svjetskoj tehnologiji (i u stručnoj i znanstvenoj) zamijenjeni su mnogo efikasnijim trajno elastoplastičnim čistim polimernim premazima (akrilatnim i epoksidno-poliuretanskim), koji značajno povećavaju kloridnu nepropusnost zaštitnog sustava (za 100 do 1000 puta), premošćuju pukotine otvora i do 1 mm, pa prema nekim autorima blokiraju čak i već započeti korozijski proces pri iznadkritičnoj koncentraciji klorida u zoni armature (Tanikawa, Swamy). S tim spoznajama i rezultatima istraživanja 1994. godine je IGH izradio novo projektno rješenje sanacije i zaštite stupova na malom luku. Oni su u niz izvještaja (IGH i HIMK-a) i u prvim ocjenama ekspertne grupe, koju je za izradu strategije sanacije i zaštite armiranobetonske konstrukcije Krčkog mosta osnovala tadašnja Uprava hrvatskih cesta, ocjenjivani najugroženijim. U njega su za sanacijski (reprofilacijski) mort uneseni uvjeti kvalitete najboljih iz dotadašnjih istraživanja, a uvjet nepropusnosti završnoga zaštitnog premaza je pooštren za oko 100 puta.

Kako se stanje stupova na malom luku s vremenom vidljivo ubrzano pogoršavalo, Hrvatska uprava za ceste je 1998. godine raspisala novi natječaj za sanaciju stupova na malom luku i odabrala „Viadukt“ d.d. kao izvođača. U međuvremenu je osnovana i već spomenuta ekspertna grupa, koja je prema rezultatima ponovljenih ispitivanja koncentracije klorida u betonu zaštitnog sloja stupova ispravila prvotno projektno rješenje IGH i po tom korigiranom rješenju sanirana su i zaštićena prva četiri stupa na inundaciji na otoku Krku.

Naglavni sklopovi na ova četiri sanirana i zaštićena stupa na Krku nisu tada rekonstruirani (izuzev stup S28) jer ni projektne izmjene u tada više neprimjenjivom projektnom rješenju Mostogradnje ni novi adekvatni način rasterećenja stupova nisu bili riješeni.

Potrebna izmijenjena rješenja napravljena su kasnije i radovi na sanaciji i zaštiti stupova nastavljeni (S20 i S27 bez rasterećenja i rekonstrukcije oslonačkih sklopova, a S21 do S26 s rasterećenjem i rekonstrukcijom).

Projektnim rješenjem sanacije mosta preko rijeke Save, kod Ivanje Reke predviđeno je da se obavi kompletna sanacija i rekonstrukcija kolničke konstrukcije sjevernog (uzvodnog) mosta – dilatacije I, II, III, IV i V. Projektirana je cjelovita sanacija kolničke konstrukcije i pješačke staze s gornje i donje strane, sanacija naglavnih greda i vijenaca mosta, kao i kompletna izolacija s odvodnjom i odbojnom ogradom.

Most preko rijeke Save kod Ivanje Reke dovršen je 1981. godine. Bio je u funkciji tek 20 godina kada su se pojavili prvi znakovi propadanja. To se dogodilo zbog lošeg i nesavjesnog procesa gradnje od uglavnom montažnih elemenata kod kojih je došlo do curenja vode u kombinaciji sa zimskim posipanjem cesta solju, što je rezultiralo korodiranjem armature i pukotinama u betonu. Istražni radovi su provedeni da se odredi opseg štete i ubrzo nakon toga izrađen je projekt sanacije. On je uključivao uklanjanje i zamjenjivanje oštećenih gornjih dijelova gornjeg stroja, a to su nivelirajući beton, poprečni betonski spojevi, te neke montažne ploče, zajedno s korodiranom armaturom, te zamjena čitavoga konzolnog nosača, uključujući pješački dio. Uklanjanje betona je obavljeno visokotlačnim pumpama i robotiziranim uređajem.